生理的な原因で起こる飛蚊症は、目の構造と密接な関係があります。目の中は空洞ではなく、透明なゲル状の硝子体（しょうしたい）という物質で満たされています。硝子体の成分は時とともに変化し、一部にしわのようなものができます。すると、この部分が濁ってその影が網膜に映り、視野の中で黒い点のように見えるのです。また、加齢とともに硝子体が萎縮してしまうと、硝子体の後ろが網膜から剥がれてしまい、この部分が黒い点のように見えることもあります。

飛蚊症を引き起こす代表的な病気には、網膜剥離があります。網膜にダメージがあるため、うまく像を結べずに影として視界に現れるのが原因です。

母体内で胎児の眼球がつくられる途中では、硝子体に血管が通っていますが、眼球が完成するとこの血管は無くなっていくのが普通です。しかし、生まれた後も血管の残りが硝子体に残存すると、これが濁りとなって飛蚊症の症状を感じることがあります。このタイプの飛蚊症は、生理的なもので健康な目にも起こる現象ですから、症状が進まない限りはあまり気にしなくてもいいでしょう。